Over de afkomst van de Maine Coon bestaan verschillende theorieen. Volgens sommige stammen ze af van een kruising met een wasbeer (raccoon) of Bobcats (wilde inheemse Amerikaanse kat). Genetisch gezien is beide echter niet mogelijk.

Gezien de gelijkenis met de Noorse Boskat zou de Maine Coon ook wel eens af kunnen stammen van katten die door de Vikingen zijn meegenomen tijdens hun tochten naar Noord-Amerika.

Of misschien zijn het wel de nakomelingen van zes langharige katten die ooit in het bezit waren van Marie Antoinette. Op de vlucht voor de Franse Revolutie waren deze al vooruitgestuurd.

Ook leken ze veel op de katten die ene Kapitein Coon bij zich had toen deze in de staat Maine aan land kwam.

Wat hun exacte afkomst ook is, de Maine Coon is zeer waarschijnlijk het resultaat van verschillende katten die uit andere werelddelen naar Amerika zijn gebracht en zich daar vermengt hebben.

In 1903 wordt dit ras voor het eerst beschreven door ene Mw. F.R. Pierce uit de staat Maine in het hoofdstuk "Maine Cats" in "The book of the Cat" Hierin wordt ook gerefereerd aan een kattenshow in 1884 waarop een Maine kat best in zijn soort won.

Uit analyse van deze beschrijving blijkt dat "de Maine kat zich oorspronkelijk goed ontwikkelde aan het begin van de 19e eeuw; dat was de periode van de vroege en definitieve groei van het ras. Later in die eeuw, brachten de toevoegingen in het ras meer verschillende kleuren en meer grootte. De bron van dit uitgesproken ras, waren overduidelijk de scheepskatten uit de zeevaarttijd en de huisdieren van zeemansfamilies. Ze plantten zich op natuurlijke wijze voort in de kustplaatsen waar ze als huisdier waren opgenomen in kapiteinsfamilies. De genetische basis van de Maine kat werd hiermee vastgelegd en veranderde weinig na het verdwijnen van de scheepsindustrie."

"Tegen het einde van de 19e eeuw, waren er vele Maine katten die erkenning kregen in kattenshows. In die periode domineerde de zwart tabby kleur het ras waarschijnlijk."

In de jaren daarna raakte het ras wat in de vergetelheid, maar sinds de jaren 60 van de 20e eeuws is het ras over de hele wereld officieel erkend als raskat. Er ontstond een rasstandaard en steeds meer mensen ging zich bezighouden met het fokken van dit ras.

Aan het einde van de jaren 60 en begin jaren 70 van de 20e eeuw werd de basis gelegd voor de stamkatten waar de meeste Maine Coon's vandaag de dag van afstammen (zie hierover meer onder het kopje Foundationkatten).

Wanneer de toevoeging "Coon" is ontstaan, is onbekend. Naarmate de Maine Cats populairder werden, werd hun oorsprong onduidelijker en soms vergeten.

"Hij heet nu de Maine Coon kat en heeft internationaal aanzien verworven als showkat en huisdier van de beste soort. De Maine Coon kat van vandaag heeft een duidelijk en herkenbaar erfgoed en heeft voorouders en stambomen die terug te herleiden zijn naar katten uit de Staat Maine."